草案二次审议稿指出，本法所称间谍行为，是指境外机构、组织、个人实施或者指使、资助他人实施的，或者境内机构、组织、个人与境外机构、组织、个人相勾结实施的下列行为：间谍组织及其代理人实施的危害中华人民共和国国家安全的活动；参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的；为间谍组织招募人员的；窃取、刺探、收买或者非法提供国家秘密或者情报的；为敌人指示攻击目标的；进行其他间谍活动的。
在明确间谍行为定义的同时，草案二次审议稿充实了规范权力行使和保障公民、组织合法权益的规定。例如，国家安全机关及其工作人员依法履行反间谍工作职责获取的组织和个人的信息、材料，只能用于反间谍工作。对属于国家秘密、商业秘密和个人隐私的，应当保密。
对于涉案财物的处理，草案二次审议稿也进行了明确——国家安全机关对依照本法查封、扣押、冻结的财物，应当妥善保管，并按照下列情形分别处理：涉嫌犯罪的，依照刑事诉讼法的规定处理；尚不构成犯罪的，有违法事实的，对依法应当没收的予以没收，依法应当销毁的予以销毁；没有违法事实的，或者与案件无关的，应当解除查封、扣押、冻结，并及时返还相关财物；造成损失的，应当依法赔偿。国家安全机关没收的财物，一律上缴国库。
此外，草案二次审议稿规定，任何个人和组织都不得非法持有、使用间谍活动特殊需要的专用间谍器材。专用间谍器材由国务院国家安全主管部门依照国家有关规定确认。