《意见》要求，所有县级公立医院推进医药分开，积极探索多种有效方式改革以药补医机制，取消药品加成（中药饮片除外）。同时，理顺医疗服务价格。降低大型医用设备检查治疗、检验价格，合理调整提升体现医务人员技术劳务价值的医疗服务价格，建立以成本和收入结构变化为基础的价格动态调整机制。价格调整政策与医保支付政策相互衔接。
《意见》指出，县级人民政府是举办县级公立医院的主体，每个县（市）要办好1—2所县级公立医院。2015年底前，医保支付方式改革要覆盖县域内所有公立医院，覆盖30%以上的县级公立医院出院病例数。到2017年，全面实行以按病种付费为主，按人头付费、按床日付费等复合型付费方式。
同时，加快研究制定符合医疗卫生行业特点的薪酬改革方案。严禁给医务人员设定创收指标，严禁将医务人员收入与医院的药品、检查、治疗等收入挂钩。完善县级卫生人才职称评价标准，突出技能和服务质量考核，淡化论文和外语要求。推进县级公立医院去行政化，逐步取消医院的行政级别。
此外《意见》明确县级公立医院床位规模、建设标准和设备配置标准。严格控制超越县级公立医院功能定位或疗效不明确、费用高昂的医疗技术、大型医用设备的引进和应用。
